С 1928 года по 1937 год протоиерей Федор Павлович Лебедев служил в храмах Ивановской области. 17 сентября 1937 года его арестовали по обвинению в "активном участии в контрреволюционной группе, ведении систематической контрреволюционной фашистской агитации и клеветнических измышлениях против вождей партии и правительства". 23 сентября 1937 года тройка УНКВД по Ивановской области приговорила его к высшей мере наказания (расстрел), 25 сентября 1937 года приговор был приведен в исполнение.
В 2000 году Юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви причислил его к лику святых.
25 сентября 2023 года, в день памяти священномученика Феодора (Лебедева), в Казанском монастыре с. Кузнецово, где прошли последние годы служения священномученика перед его арестом и мученической кончиной, совершена Божественная литургия.