В преддверии грядущей войны, становились реальными перспективы присоединения к Советскому Союзу новых земель, в том числе и православных. Для контроля над верующим населением будущих республик и областей необходимо было сохранять контролируемый государством орган церковного управления. Во время войны к Советскому Союзу были присоединены обширные территории Западной Украины и Западной Белоруссии со своими епархиями и монастырями, Эстония (Эстонская Церковь во главе с митрополитом Александром (Паулусом) воссоединилась с Российской Церковью), Латвия (Латвийская Церковь также вошла в состав Московского Патриархата), Молдавия. На присоединенных территориях находилось около 3,5 тыс. приходов, общее количество приходов русской Церкви выросло до 3742, что и спасло Московскую Патриархию от полного и окончательного уничтожения. После присоединения к СССР части Финляндии, где находились Валаамский, Коневецкий и Линтульский монастыри и 17 действующих храмов, все они были закрыты. То же самое произошло с Трифоно-Печенгским монастырём во время контроля территории Красной армией, настоятель Трифоно-Печенгского монастыря игумен Паисий (Рябов) в декабре 1942 г. был расстрелян. С сентября 1939 по июнь 1941 г. на территории Западной Украины и Западной Белоруссии было арестовано 53 священника. 43 из них были либо расстреляны, либо отправлены в лагеря. Число монахов Почаевского монастыря за полтора года уменьшилось с 300 до 80 человек. В Прибалтике арестован органами НКВД и епископ Иоанн (Булин), расстрелянный 30 июля 1941 г. Открылись и отделения «Союза воинствующих безбожников», были закрыты семинарии. Пастырей вызывали в НКВД и убеждали отречься. Использовалось экономическое давление на приходы.

25 июня 1941 г. была арестована игумения Тамара (Сатси), приговорена к 10 годам лагерей, где и скончалась. 22–23 июня были арестованы мученики Димитрий Волков и Никита Сухарев, добивавшиеся открытия храма в Орехово-Зуеве, 17 сентября был арестован иерей Иоанн Заседателев из Николаевска, вся вина которого была в совершении треб по просьбам верующих. Все погибли в лагерях в 1942 г.

Персоналии

священник Иван Алексеевич Алексеев

иеродиакон Михаил Борисович Борисов

иеромонах Виссарион Никифорович Бурдасов

священник Александр Николаевич Волковский

протоиерей Анатолий Антонович Гандарович/Гантарович

протоиерей Лука/Лукаш Филимонович Голод/Голад

иеромонах (иеросхимонах?) Даниил Иванович Гомановский

священник Дмитрий Иванович Горемыкин

митрополит Нектарий Константинович Григорьев

игумен Иоанн Степанович Дзюргалюк/Дзергалюк

священник Гавриил Михайлович Зубов

священник Михаил Андреевич Корнадудов

епископ Гавриил Витальевич Красновский

иеромонах Даниил Петрович Лобанов

диакон Борис Алексеевич Малышев

схимонахиня Параскева Емельяновна Мачкина

бывший священник Николай Михайлович Мешалкин

священник Павел Дмитриевич Никольский

священник Федор Алексеевич Орловский

иеромонах Зосима Михайлович Павлов

псаломщик Роман Григорьевич Погорелов

священник Леонтий Аристархович Подгорбунских

протоиерей Филофей Петрович Поляков

протоиерей Иннокентий Семенович Попов

протоиерей Василий Васильевич Постников

диакон Александр Васильевич Рождественский

иеромонах Пахомий Петрович Русин

священник Петр Георгиевич Солнцев

протоиерей Петр Иосифович Страдомский

священник Николай Петрович Цитович/Цытович

архимандрит Серафим Васильевич Черствов

протоиерей Иван Яковлевич Шастов

протоиерей Николай Степанович (Эрнестович) Шенрок

протоиерей Петр Алексеевич Шипков

протодиакон Федор Иванович Юдин