В преддверии грядущей войны, становились реальными перспективы присоединения к Советскому Союзу новых земель, в том числе и православных. Для контроля над верующим населением будущих республик и областей необходимо было сохранять контролируемый государством орган церковного управления. Во время войны к Советскому Союзу были присоединены обширные территории Западной Украины и Западной Белоруссии со своими епархиями и монастырями, Эстония (Эстонская Церковь во главе с митрополитом Александром (Паулусом) воссоединилась с Российской Церковью), Латвия (Латвийская Церковь также вошла в состав Московского Патриархата), Молдавия. На присоединенных территориях находилось около 3,5 тыс. приходов, общее количество приходов русской Церкви выросло до 3742, что и спасло Московскую Патриархию от полного и окончательного уничтожения. После присоединения к СССР части Финляндии, где находились Валаамский, Коневецкий и Линтульский монастыри и 17 действующих храмов, все они были закрыты. То же самое произошло с Трифоно-Печенгским монастырём во время контроля территории Красной армией, настоятель Трифоно-Печенгского монастыря игумен Паисий (Рябов) в декабре 1942 г. был расстрелян. С сентября 1939 по июнь 1941 г. на территории Западной Украины и Западной Белоруссии было арестовано 53 священника. 43 из них были либо расстреляны, либо отправлены в лагеря. Число монахов Почаевского монастыря за полтора года уменьшилось с 300 до 80 человек. В Прибалтике арестован органами НКВД и епископ Иоанн (Булин), расстрелянный 30 июля 1941 г. Открылись и отделения «Союза воинствующих безбожников», были закрыты семинарии. Пастырей вызывали в НКВД и убеждали отречься. Использовалось экономическое давление на приходы.
25 июня 1941 г. была арестована игумения Тамара (Сатси), приговорена к 10 годам лагерей, где и скончалась. 22–23 июня были арестованы мученики Димитрий Волков и Никита Сухарев, добивавшиеся открытия храма в Орехово-Зуеве, 17 сентября был арестован иерей Иоанн Заседателев из Николаевска, вся вина которого была в совершении треб по просьбам верующих. Все погибли в лагерях в 1942 г.
Персоналии