В первый день Великой Отечественной войны местоблюститель патриаршего престола митрополит Московский и Коломенский Сергий выпустил «Послание пастырям и пасомым Христовой Православной Церкви», в котором призвал: «…Не первый раз приходиться русскому народу выдерживать такие испытания с Божией помощью… наши предки не пали духом… Не посрамим же их славного имени и мы — православные… Православная наша Церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она и испытания несла, и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь… Положим же души своя вместе с нашей паствой…Церковь Христова благословляет всех православных на защиту священных границ нашей родины. Господь нам дарует победу». В храмах было установлено читать молитву о победе нашего воинства.

В своих посланиях митрополит Сергий призывал также помогать партизанам: «Есть же и в ваших областях люди, готовые жертвовать своим покоем или достатком, а то и всею жизнию во имя верности Церкви и родине. Слухи о подвигах партизан доходят и до нас, немало и нас одушевляя на всенародное дело. Пусть ваши местные партизаны будут и для вас не только примером и одобрением, но и предметом непрестанного попечения. Помните, что всякая услуга, оказанная партизану, есть заслуга пред родиной и лишний шаг к вашему собственному освобождению от фашистского плена». В партизанском движении активно участвовали и священнослужители. На оккупированных землях они часто являлись единственным связующим звеном между населением и партизанами. Священники укрывали красноармейцев, отставших при отступлении от своих частей, военнопленных, сбежавших из лагерей, также вели патриотическую агитацию среди населения, сами вступали в ряды антифашистских отрядов. Десятки награждены медалью «Партизану Великой Отечественной войны». Он призывал также собирать пожертвования для нужд армии. Всего РПЦ за годы войны внесла на нужды фронта более 300 млн рублей, не считая драгоценностей.

По подсчетам М. В. Шкаровского, всего на оккупированных территориях было открыто около 9,5 тысяч православных храмов и десятки монастырей. Люди сами открывали церкви, при этом немецкие войска в политических видах противопоставления себя коммунистическому режиму не препятствовали в этом народу. Однако сохранение на захваченных территориях единой Православной Церкви в планы Гитлера не входило. германское руководство делало все возможное, чтобы православие было максимально разделенным. «Каждая деревня, — говорил Гитлер, — должна быть превращена в независимую секту, поклоняющуюся Богу на своей манер. Если некоторые деревни в результате этого пожелают практиковать черную магию, на манер негров или индейцев, мы не должны ничего предпринимать, чтобы воспрепятствовать им. <…> Наша политика на широких русских пространствах должна состоять в поощрении любой и каждой формы распри и раскола». Оккупанты сразу же начали подчинять себе церковные структуры, часто запрещали поминать патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского).

Не покинул Ленинграда в годы войны митрополит Николай (Ярушевич). Епископ Лука (Войно-Ясенецкий) стал главным хирургом Красноярского эвакуационного госпиталя, продолжая служить.

Духовная жизнь продолжалась под руководством наставников. Преподобный Сергий (Сребрянский) служил в тверском селе Владычня. Священномученик Сергий Мечёв был расстрелян 6 января 1942 г. Преподобный Серафим (Муравьев) (память 3 апреля), жил в поселке Вырица под Петербургом. Немецкий офицер однажды спросил иеросхимонаха Серафима, когда немцы будут маршировать по Дворцовой площади Петербурга. Ответ был кратким: «Никогда!» Проводились тайные моления и крестные ходы.

Персоналии

протоиерей Василий Васильевич Веревкин

протоиерей Анатолий Антонович Гандарович/Гантарович

протоиерей Лука/Лукаш Филимонович Голод/Голад

протоиерей Иван Федорович Горемыкин

митрополит Варфоломей Дмитриевич Городцов

протоиерей Михаил Иванович Кукарин

архиепископ Леонид Христофорович Лобачёв

архиепископ Алексий Михайлович Палицын

протоиерей Филофей Петрович Поляков

священник Федор Андреевич Пузанов

священник Митрофан Александрович Свиридов

протоиерей Михаил Владимирович Славнитский

митрополит Иоанн Александрович Соколов

протоиерей Александр Михайлович Хведосюк

митрополит Николай Дорофеевич Ярушевич