В этот период гонения уже не имеют массового характера. Особенность периода в том, что государство стремится трансформировать Церковь под себя и использовать её в своих целях — в манипуляциях общественным мнением на международной арене, а неугодных стремятся убрать в психиатрические лечебницы или осудить по экономическим статьям, дискредитировать в глазах общественности. В этот период подвиг осуществили те, кто не шел на поводу у власти под давлением, отстаивал интересы Церкви, несмотря на то, что подвергался осуждению, маргинализации (маргинализация, наверное, суть данного периода гонений), те, кто противостоял закрытию церквей и монастырей.
Священник Александр Мень писал об этом периоде: «Начались закрытия храмов, пресса была полна враждебных выпадов, появились первые самиздатские ответы. Но разгромы продолжались. Начались выступления отреченцев. Не было газеты, будь то «Советский спорт» или какая‑нибудь местная «Вперед», где бы ежедневно не долбилось, не долбилось… Я подсчитывал: в эти годы антирелигиозная пропаганда дошла до того, что в день выходило по 6–7 названий книг, из которых каждая имела миллионный тираж. В день! Прямо стрельба из «катюш», из минометов… Храмы закрывались при самых безобразных обстоятельствах: вламывались, входили, надевали шапки и бросались тут же всё ломать».
В 1961 г. власти потребовали привести церковный Устав в соответствие с религиозным законодательством 1929 г., в результате чего священники перестали быть даже членами приходских «двадцаток» и были лишены права участвовать в решении административных и финансовых вопросов.
С 1959 по 1962 гг. было закрыто около семи тысяч церквей. Храмы не только закрывали, но и разрушали. Прекратили свою деятельность семинарии в Киеве, Саратове, Симферополе, Луцке и Жировицах. Из 90 монастырей (в основном открытых во время войны) осталось лишь 18. В конце 1950-х гг. хотели закрыть Киево-Сергиеву Лавру. Вследствие провокации была арестована группа монахов. 10 марта 1961 года под предлогом «ремонтно-реставрационных работ» Киево-Печерская Лавра была закрыта. 1959 г. властями был принят «План мероприятий по прекращению паломничества к так называемым «святым местам». Была закрыта гостиница для паломников у подножия Лавры — там разместили музей атеизма, куда до 1988 года привозили группы туристов до посещения ими Почаевской Лавры. Монахов насильно сажали в грузовики и вывозили за много километров, пригрозив расправой и тюрьмой.
Лишение прописки также было излюбленным средством гонителей, применявшимся повсеместно. Человек оказывался вне закона. Без прописки неугодные власти люди попадали под статью.
Часто использовался и экономический прессинг. Церкви запрещалось продавать свечи по ценам более высоким, чем они приобретались в свечных мастерских. Это означало для большинства храмов банкротство, роспуск хоров, сокращение персонала и закрытие свечных мастерских.
Использовалась репрессивная психиатрия: инакомыслящих (в данном случае — верующих) объявляли безумными и отправляли на принудительное лечение.
