Наиболее ожесточённо политика «красного террора» проявилась на территориях боевых действий Гражданской войны. Приказом Главнокомандующего Вооруженными Силами на Юге России 31 декабря 1918 г. была образована Особая комиссия по расследованию злодеяний большевиков при Главнокомандующем Вооруженными Силами на Юге России (далее — Особая комиссия, комиссия). Она расследовала действия карательных органов советской власти при проведении политики «красного террора». Комиссия состояла из Общего собрания и Следственного органа, председатель назначался Главнокомандующим ВСЮР, и руководствовалась Уставом уголовного судопроизводства при тщательном соблюдении юридических норм. Повышенные требования предъявлялись к личному составу комиссии. Это были лучшие специалисты — профессиональные эксперты в области судебной медицины и права, видные общественные деятели. В работе принимали участие международные наблюдатели.
После поражения белых руководители комиссии в сложнейших условиях вывезли материалы в марте 1920 г. за границу, что сохранило их для истории. В Государственном архиве Российской Федерации, в фонде комиссии (Ф-470), можно познакомиться с этими документами, в числе которых материалы по отдельным губерниям и городам, занятым Вооруженными Силами на Юге России: акты расследований, опросные листы, справки, протоколы опросов свидетелей и другие документы. Они содержат свидетельства о гонениях большевиков на Церковь в епархиях Юга России и части Украины, в том числе на Дону, Ставрополье и Кубани.
