Поселок Запрудня известен с XVII века, в то время он назывался село Гари. По данным писцовых книг Дмитровского уезда, в 1627 году в селе Гари имелось «место церковное», где была церковь Воскресения, здесь же находились дворы церковнослужителей – попа Мартына Ильина, дьячка Ивашки Прокофьева и пономаря Ивашки Федорова. Вероятно, служба в сельской церкви была прекращена незадолго до этого. По сведениям 1685 и 1686 годов, в селе Гари – «церковь Воскресения Христова деревянная ветха, службы нет, кладбище кругом 90 сажен, место попово, пономарево пусты».
Однако уже в 1629 году упоминается деревянная Преображенская церковь на погосте села Гари и относящаяся к нему церковная пустошь Якушева на речке Кульме (Кунье). Уже в начале XVIII столетия тогдашними владельцами села А.И. и В.Ф. Леонтьевыми здесь была построена новая деревянная церковь. В 1715 году упоминается «погост на Мошках, а на погосте церковь деревянная во имя Преображения Господня; при церкви во дворе поп Петр Дмитриев, у него сын дьякон Федор, во дворе дьячок».
Позже на месте деревянной церкви вырос каменный храм, где были освящены приделы в честь Преображения Господня, Богоявления и Покрова.
Столетия храм окормлял окрестную паству, пока пришедшие к власти большевики в 1933 году его не закрыли. Последний настоятель, священник Владимир Сперанский, несмотря на закрытие храма, продолжал служение, проповедовал по праздникам, принимал прихожан на дому. Мудрые проповеди, твердая гражданская позиция не могли не раздражать власть, и в августе 1937 года под надуманным предлогом о. Владимир был арестован, 19 октября тройка НКВД по Московской области по ст. 58-10 УК РСФСР приговорила его к расстрелу за «контрреволюционную агитацию». 21 октября 1937 года приговор привели в исполнение на полигоне Бутово под Москвой. Погребен в безвестной общей могиле. Владимир Сперанский причислен к лику святых Новомучеников Российских постановлением Священного Синода 7 мая 2003 года для общецерковного почитания.
Закрытый храм медленно разрушался, а в 1950-м году был разобран полностью. Камни из фундамента были перевезены в деревню Танино для строительства первого кирпичного коровника, стены уничтожены.
Более шестидесяти лет не звучал над Запрудней колокольный звон, прихожане ездили в Орудьево, Жуковку, Дмитров.
Лишь в начале девяностых годов прошлого века поселковая общественность заговорила о необходимости возрождения храма, была воссоздана православная община. В полуразрушенной избушке, прежде принадлежавшей «Мосэнерго», был открыт храм Преображения Господня.
Уже тогда износ этого здания составлял 100 %. Его долго приводили в порядок: ломали перегородки, отгородили алтарь, оформили временный иконостас. Первая после большого перерыва торжественная служба прошла в Запрудне в престольный праздник – 19 августа 1993 года. На первых порах в новом здании проводились лишь молебны, а после окончания ремонтных работ начались регулярные службы. С первых же дней забота о новом храме легла на плечи священника Александра (Макарова).
Здание, в котором ютился храм, по праздникам уже не вмещало всех пришедших на службу, пожилым прихожанам было трудно выстаивать многочасовые службы в тесном и душном помещении. Большому поселку был нужен большой и светлый храм.
В 1995 году православной общине в живописном месте – в центре Запрудни, на берегу поселкового водоема – выделили землю. На месте, где должен был вырасти храм, был заложен памятный камень. Архитекторы сделали проект фасада храма, но начать строительство так и не удалось, денег катастрофически не хватало. Срок аренды истек, землю передали другому застройщику.
Настоятель храма Преображения Господня протоиерей Александр (Макаров) потратил много сил на поиски инвесторов. В итоге были оформлены документы на участок земли, прилегающий к зданию, где сейчас располагается храм, и в 2003 году заложен фундамент будущего храма. Рабочие АО «Механизатор» трудились на объекте практически в долг – расплатиться община смогла лишь через год.
Оказали помощь предприниматели и жители Запрудни, даже те, кто уехал за рубеж.
Проект нового храма создан по проекту старого, разрушенного в середине ХХ века.
6 ноября 2010 года строительство храма было возобновлено.
7 апреля 2011 года были освящены кресты на куполах храма.
В 2012 году на день Святой Троицы состоялась первое богослужение во вновь построенном каменном храме.
В четверг Светлой седмицы 2015 года освящено и установлено 6 колоколов.
Строительство храма завершено к началу 2016 года.
Николаева Ю. Непростая история храма // Соединяя берега. Ежемесячная православная газета Дубненско-Талдомского благочиния. №7(17), 2021-08-12