Храм в с. Алтуфьево построен в 1760-1763 гг. на средства И.И. Вельяминова, колокольня возведена в конце XVIII века.
Церковь сильно пострадала во время войны 1812 г. и долго восстанавливалась, почти каждый владелец имения Алтуфьево вносил в ее архитектурный облик новые черты, и как храм выглядел изначально, сегодня представить уже невозможно.
В советское время церковь оставалась действующей, за исключением небольшого перерыва в 1941 г. В 1960 г. Алтуфьево вошло в черту Москвы, население района значительно увеличилось, и небольшое здание уже не могло вместить всех желающих. О строительстве новых церковных зданий тогда не могло быть и речи, и удалось добиться только пристройки новой деревянной паперти. Наконец, помещение храма было значительно расширено во время реконструкции 1992-1995 гг, когда церковь приобрела тот облик, которы имеет и сейчас. В храме три придела: Воздвижения Креста Господня, преп. Макария Желтоводского и св. мученика Трифона. В память новомучеников, служивших в церкви в разные годы, установлена мемориальная доска.
